配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門

• 日程: 2020 年 10 月 27 日 (火)
• 講義時間: 10 時 00 分 ～ 15 時 00 分
• 会場: Webex によるオンライン開催
• 定員: 100 名
• 対象: バイオインフォマティクスを学び始めた方、SHIROKANE を使用し始めた方
• 参加費: 無料
• 本講習会は日本語で実施します
• SHIROKANE のアカウントがない方は、実習の際はご覧いただくのみになります

講習題目

配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門

講師

関西学院大学 理工学部生命医化学科 藤博幸教授

タイムスケジュール

 1. 10:00 - 11:00 「配列解析の基礎」

 2. 11:00 - 12:00 「相同タンパク質の解析 - blastp, mafft, PyMol の利用法 -」

  -- 昼休憩 --

 3. 13:00 - 14:00 「マルチドメインタンパク質の解析 - rpsblast の利用法 - 」

 4. 14:00 - 15:00 「blast のバッチジョブ実行演習」

講習内容

 1. では、配列解析の基礎として、タンパク質を題材として、分子進化、相同、 種分化、オーソロガス、遺伝子重複、パラロガス、モチーフなどを学びます。 また、データベース検索やアライメントについても簡単に解説します。

 2. では、リゾチームを問い合わせ配列として、blastp によるデータベース検索 を行い、mafft によるマルチプルアラインメントの構築とモチーフの同定と、PyMol による立体構造上での表示を行います。

 3. では、タンパク質リン酸化酵素のセットを問い合わせとして、rpsblast を 実施し、ドメイン構造の解析法とドメインシャフリングについて学びます。

 4. では、1 ～ 3 で実行したコマンドや処理をスクリプトに記述し、スパコン SHIROKANE でバッチジョブを実行する方法を学びます。 このパートのみ、 SHIROKANE のエンジニアが担当します。 

ご利用のパソコンに、あらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。

 Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要) ​

 * https://sourceforge.jp/projects/ttssh2/ 

 * ​https://www.ranvis.com/putty.ja 

申込み方法

10 月 27 日 (火) 10:00 までに下記フォームから申し込みください。登録いただいたメールアドレスに Webex の URL をご連絡します。システム上、チケットの販売といった表記となりますが無償の講習会です。

講習会開催中のご質問は、Webex のチャットで受付いたします。