配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門
Tue, 17 Jan
|Webex オンラインイベント
この度「配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門」と題しまして、SHIROKANE を利用したバイオインフォマティクスの入門講習を開催します。
日時・場所
17 Jan 2023, 10:00 – 15:00
Webex オンラインイベント
イベントについて
- 日程: 2023 年 1 月 17 日 (火)
- 講義時間: 10 時 00 分 ~ 15 時 00 分
- 会場: Webex によるオンライン開催
- 定員: 100 名
- 対象: バイオインフォマティクスを学び始めた方、SHIROKANE を使用し始めた方
- 参加費: 無料
- 本講習会は日本語で実施します
- SHIROKANE のアカウントがない方は、実習の際はご覧いただくのみになります
講習題目
配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門
講師
関西学院大学 理工学部生命医化学科 藤博幸教授
タイムスケジュール
1. 10:00 - 11:00 「配列解析の基礎」
2. 11:00 - 12:00 「相同タンパク質の解析 - blastp, mafft, PyMol の利用法 -」
-- 昼休憩 --
3. 13:00 - 14:00 「マルチドメインタンパク質の解析 - rpsblast の利用法 - 」
4. 14:00 - 15:00 「blast のバッチジョブ実行演習」
講習内容
- では、配列解析の基礎として、タンパク質を題材として、分子進化、相同、 種分化、オーソロガス、遺伝子重複、パラロガス、モチーフなどを学びます。 また、データベース検索やアライメントについて解説します。
- では、リゾチームを問い合わせ配列として、blastp によるデータベース検索 を行い、mafft によるマルチプルアラインメントの構築とモチーフの同定と、PyMol による立体構造の表示を行います。
- では、タンパク質リン酸化酵素のセットを問い合わせとして、rpsblast を実施し、ドメイン構造の解析法とドメインシャフリングについて学びます。
- では、1 ~ 3 で実行したコマンドや処理をスクリプトに記述し、スパコン SHIROKANE でバッチジョブを実行する方法を学びます。 このパートのみ、 SHIROKANE のエンジニアが担当します。
SHIROKANE の計算ジョブの準備やその実行、および結果の解析には Linux のコマンドラインを用いた操作が必要です。そのため、基本的な Linux コマンド (mkdir, cp, vi 等) の知識がある方を前提とさせていただきます。
Linux の基本的な操作に不安のある方は、HGC 講習会「SHIROKANE Tutorial」のテキストをご一読されることをお勧めします。
HGC 講習会資料 https://gc.hgc.jp/util-info/seminar-materials/
(閲覧には SHIROKANE のアカウントでのログインが必要です)
※ 4. の「blast のバッチジョブ実行演習」で実習される方は、 ご利用のパソコンにあらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。
Windows Terminal, Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要)
* http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/
* https://www.ranvis.com/putty.ja
申込み方法
1 月 16 日 (月) 17:00 までに下記フォームから申し込みください。
登録いただいたメールアドレスに Webex の URL をご連絡します。
システム上、チケットの販売といった表記となりますが無償の講習会です。
講習会開催中のご質問は、Webex のチャットで受付いたします。
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