配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門

• 日程: 2023 年 1 月 17 日 (火)
• 講義時間: 10 時 00 分 ～ 15 時 00 分
• 会場: Webex によるオンライン開催
• 定員: 100 名
• 対象: バイオインフォマティクスを学び始めた方、SHIROKANE を使用し始めた方
• 参加費: 無料
• 本講習会は日本語で実施します
• SHIROKANE のアカウントがない方は、実習の際はご覧いただくのみになります

講習題目

配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門

講師

関西学院大学 理工学部生命医化学科 藤博幸教授

タイムスケジュール

 1. 10:00 - 11:00 「配列解析の基礎」

 2. 11:00 - 12:00 「相同タンパク質の解析 - blastp, mafft, PyMol の利用法 -」

  -- 昼休憩 --

 3. 13:00 - 14:00 「マルチドメインタンパク質の解析 - rpsblast の利用法 - 」

 4. 14:00 - 15:00 「blast のバッチジョブ実行演習」

講習内容

1.  では、配列解析の基礎として、タンパク質を題材として、分子進化、相同、 種分化、オーソロガス、遺伝子重複、パラロガス、モチーフなどを学びます。 また、データベース検索やアライメントについて解説します。
2.  では、リゾチームを問い合わせ配列として、blastp によるデータベース検索 を行い、mafft によるマルチプルアラインメントの構築とモチーフの同定と、PyMol による立体構造の表示を行います。
3.  では、タンパク質リン酸化酵素のセットを問い合わせとして、rpsblast を実施し、ドメイン構造の解析法とドメインシャフリングについて学びます。
4.  では、1 ～ 3 で実行したコマンドや処理をスクリプトに記述し、スパコン SHIROKANE でバッチジョブを実行する方法を学びます。 このパートのみ、 SHIROKANE のエンジニアが担当します。 

SHIROKANE の計算ジョブの準備やその実行、および結果の解析には Linux のコマンドラインを用いた操作が必要です。そのため、基本的な Linux コマンド (mkdir, cp, vi 等) の知識がある方を前提とさせていただきます。

Linux の基本的な操作に不安のある方は、HGC 講習会「SHIROKANE Tutorial」のテキストをご一読されることをお勧めします。

HGC 講習会資料 https://gc.hgc.jp/util-info/seminar-materials/

(閲覧には SHIROKANE のアカウントでのログインが必要です)

※ 4. の「blast のバッチジョブ実行演習」で実習される方は、 ご利用のパソコンにあらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。

Windows Terminal, Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要)

 * http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/

 * https://www.ranvis.com/putty.ja

申込み方法

1 月 16 日 (月) 17:00 までに下記フォームから申し込みください。

登録いただいたメールアドレスに Webex の URL をご連絡します。

システム上、チケットの販売といった表記となりますが無償の講習会です。

講習会開催中のご質問は、Webex のチャットで受付いたします。