Anonymous FTP

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ヒトゲノム解析センターで開発されたデータベースやソフトウェアをダウンロードすることができます。また Anonumous FTP サーバでは、いくつかのデータベースをミラーしています。

HGC 提供のデータベース

JSNP

IMS、JST (中村特任教授のグループ) による日本の SNPs データベースです。

DBTSS

HGC (菅野教授と中井教授のグループ) によるヒト遺伝子の転写開始点と完全長 cDNA のデータベースです。

 
 

他研究機関提供のデータベース

1000 Genomes

1000 人ゲノムプロジェクトで得られたゲノムデータのうち、日本人のゲノムデータ (Population が JPT のもの) が利用できます。

NCBI

NCBI で公開されているデータベースで、GenBank, RefSeq, UniGene の他に Genomes, dbSNP, Taxonomy, OMIM, GEO などが利用できます。

EMBL

EMBL/EBI による核酸配列のデータベースです。内容は GenBank、 DDBJ と共通です。

UniProt

Swiss Prot、 TrEMBL、 PIR データベースを統合して作られた、SIB/EBI によるアミノ酸配列のデータベースです。

PDB

wwPDB (RCSB, EBI, PDBj) による立体構造のデータベースです。

Ensembl

Sanger/EBI による真核生物のゲノムデータベースです。

Golden Path

UCSC によるヒトのゲノムデータベースです。

Pfam, Rfam

Pfam: Washington 大学と Sanger Institute によるタンパク質ファミリーのデータベースです。
Rfam: Washington 大学と Sanger Institute による機能性 RNA ファミリーのデータベースです。

InterPro

EBI によるタンパク質ファミリー、ドメイン、機能サイトの統合データベースです。

PROSITE

SIB によるタンパク質モチーフとプロファイルのデータベースです。

EPD

SIB による真核生物のプロモーター配列データベースです。

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

他研究機関提供のソフトウェア

NCBI

NCBI の相同性検索プログラム BLAST と、BLAST の検索対象となる EST, nr などのデータベースです。

FASTA

Virginia 大学の相同性検索プログラムで SSEARCH 等も含まれます。

ClustalW, ClustalX

ClustalW:マルチプルアラインメントのプログラムです。
ClustalX:ClustalW のグラフィカルインターフェイス (GUI) です。

PHYLIP

系統解析のプログラムです。

HMMER, INFERNAL

HMMER: 隠れマルコフモデル (HMM) を作成し配列を検索するプログラムです。
INFERNAL: RNA の共分散モデル (CM) を作成し配列を検索をするプログラムです。

EMBOSS

配列解析を中心とした多数のプログラム集です。

InterProScan

InterPro データベースを検索するプログラムです。

exonerate, Wise2

exonerate: 相同性検索とゲノム等への配列マッピングを行う統合プログラムです。
Wise2: タンパク質のゲノムへのマッピングを行うプログラムです。

MEME

期待値最大化 (EM) 法により配列から特徴パターンを検索するプログラムです。

 
 
 
 
 
 
 
 
 
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