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データベース

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ヒトゲノム解析センターでは、様々なデータベースを構築しています。また、我々が開発したシステムにより、いくつかの他機関で構築されている主要なデータベースも、検索することができます。

CSML/CSO

Cell System Markup Language (CSML) は代謝経路、シグナリングや遺伝子制御ネットワークなどのバイオパスウェイをモデリング・シミュレートするための XML フォーマットです。また Cell System Ontology (CSO) も開発済みです。

DBTSS

HGC (菅野教授と中井教授のグループ) によるヒト遺伝子の転写開始点と完全長 cDNA のデータベースです。

Full length cDNA

NEDO の支援を受けたバイオテクノロジー開発技術研究組合との共同事業 (菅野教授のグループ) による完全長 cDNA のデータベースです。

Aberrant Splicing Database

中井教授 (HGC) が以前収集した異常スプライシング (突然変異などでスプライシングに異常が起こり発病する) のコレクションです。

Hintdb/HitPredict

Hintdb は、実験的に得られた 9 生物種間のタンパク質－タンパク質相互作用のデータベースです。

HitPredict は、ハイスループットデータから予測されたタンパク質－タンパク質相互作用のデータベースです。

eF-site

eF-site は蛋白質の分子表面のデータベースで、分子表面の形状と静電ポテンシャルと疎水性が計算されています。さらに機能部位の情報も納められています。

CSML/CSO
DBTSS
DBTBS
DBTGR
Full length cDNA
Aberrant Splicing Database
Hintdb/HitPredict
eF-site
Rat Genome Map
Full-malaria
MBGD
BSORF
ATTED-II
COXPRESdb

Rat Genome Map

大塚製薬 GEN 研究所らによる OLETF ラットの放射線ハイブリッドマップです。

Full-malaria

Full-malaria は、寄生虫の完全長 cDNA データベースです。マラリア原虫 (赤血球感染型)、トキソプラズマ原虫 (タキゾイト) の発現遺伝子の 5' 端塩基配列をゲノムシークエンス上にマップして表示しています。エキノコックス (多包条虫) の嚢包の完全長 cDNA の 5' 端塩基配列も公開しています。

ATTED-II

ATTED-II は、公共のデータベースに蓄積しているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しているデータベースです。

COXPRESdb

COXPRESdb は、公共のデータベースに蓄積しているヒト、マウス、ラットのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しているデータベースです。

DBTBS

HGC を中心としたグループによる、枯草菌の転写因子とプロモーターの情報を文献から抽出したデータベースです。

DBTGR

ホヤ等の被嚢類の転写因子とプロモータの情報を、文献より抽出したデータベースです。カタユウレイボヤとマボヤのプロモータ領域の保存度も比較できます。

MBGD

MBGD は、バクテリアの完全ゲノム配列を比較解析するためのデータベースです。 MBGD の目的は、オーソログ遺伝子の同定、パラログ遺伝子のクラスタリング、モチーフ解析、遺伝子の並びの比較などの、様々な観点から比較ゲノムをやりやすくすることです。現在では、基礎生物学研究所で管理されています。

BSORF

JAFAN (枯草菌の日本機能解析ネットワーク) による枯草菌 ORF データベースです。

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