EEM を用いたがんトランスクリプトームデータ解析講習会

• 日程: 2020 年 11 月 20 日 (金)
• 講義時間: 14 時 00 分 ～ 15 時 30 分
• 会場: Webex によるオンライン開催
• 定員: 100 名
• 参加費: 無料
• 本講習会は日本語で実施します

講習題目

EEM を用いたがんトランスクリプトームデータ解析

講師

ヒトゲノム解析センター ゲノム医科学分野 新井田 厚司 講師

EEM は RNA-seq 等のトランスクリプトームデータと遺伝子セットを利用して、トランスクリプトーム中の共通の転写プログラムに制御される遺伝子群、発現モジュールを抽出する手法です (Niida et al., BMC bioinformatics, 2008)。

近年のデータ量の爆発的な増加にともなって TCGA 等の公共データベースには、膨大ながんのオミックスデータの蓄積が進み、がん研究を行う上ではこれらのデータを統合的に利用していくことが必須になりました。EEM はこのような統合解析にも有用です。

本講義では EEM 手法および EEM を用いた統合データ解析の 3 例を扱います。

1.   食道扁扁平上皮がんの NRF2 発現モジュールを同定し、NRF2 pathway 変異との相関があることを見出した (Sawada et al., Gastroenterology, 2016)。
2.  大腸がんの MYC 発現モジュールを同定し、その活性化には 8 番染色体短腕のコピー数増加による MYC 発現上昇に、20 番染色体短腕のコピー数増加による TPX2/AURKA の発現上昇が相加的に作用していることを示した (Takahashi et al., Annals of oncology, 2015)。
3.  胃がん細胞株モデルと臨床検体のトランスクリプトームを用いて腹膜播種制御モジュールを同定した (Kurashige et al., Scientific reports, 2016)。

また、講義の最後に以下のコードを用いて SHIROKANE にて EEM を実行する、新井田講師によるデモンストレーションを行います。

 * https://github.com/atusiniida/EEM2.0

申込み方法

11 月 20 日 (金) 14:00 までに下記フォームから申し込みください。登録いただいたメールアドレスに Webex の URL をご連絡します。システム上、チケットの販売といった表記となりますが無償の講習会です。

講習会開催中のご質問は、Webex のチャットで受付いたします。