次世代シークエンサ (データ解析)

終了したサービスです。次世代シークエンサ (データ解析) は現在受け付けておりません。

ヒトゲノム解析センター (HGC) では、国内のゲノム研究の基盤の確立を支援するために、次世代シークエンサ (NGS) のデータ解析サービスを行います。 具体的には、HGC のインフラを最大限に活用し、 Nature や Science などの一般誌で行われている解析パイプラインをベースにスーパーコンピュータに最適化することで、超高速な NGS の基本的な解析、および高度な解析サービスを行います(有償)。また、次世代シークエンサのデータの取得を考えられている医学系、生物学系の研究室、企業に対して解析を行う上で必要なデータ取得の方法のコンサルティングについても受け付けています。

現在のサービス(予定を含む)は以下のとおりです。より複雑な解析については、案件毎に相談となります。お問い合わせは、ngs_service@hgc.jp NGS 解析担当チームまでご連絡ください。

RNA-Seq

  • アダプタ配列の除去、コンタミの検出、 PCR duplicates などシーケンシング結果をチェックします。

  • リファレンス配列がある場合には、リード配列のリファレンスゲノムに対する基本的な解析を行います(例:遺伝子へのマッピング、遺伝子上のマッピング位置の分布の解析、遺伝子における coverage と GC 含量の相関解析、異なる転写長がみられた遺伝子の検出など。)

  • リファレンス配列がない場合(De novo の場合)は、リード配列のアセンブリによるコンティグ配列作成や、コンティグ長の解析を行います。

  • オルタナティブスプライシングの検出や、複数サンプル間における転写遺伝子の比較を行います。

  • さらに複雑なカスタム解析を行います。

De novo assembly

  • アダプタ配列の除去、コンタミの検出、PCR duplicates などシーケンシング結果をチェックします。

  • 共有メモリ型スーパーコンピュータのパフォーマンスを最大限に生かしアセンブリングを行い、コンティグ配列を取得します。

  • 基本的な解析を行います(例:遺伝子予測・リピート領域予測・ノンコーディング RNA 予測などのアノテーション。)

  • さらに複雑なカスタム解析を行います。

Exome-Seq

  • アダプタ配列の除去、コンタミの検出、PCR duplicates などシーケンシング結果をチェックします。

  • リファレンス配列がある場合には、リファレンスゲノムにマッピングします。

  • 基本的な解析を行います(例:クオリティコントロール、ターゲット領域における深度分布のヒストグラム作成、均等性やコンセンサスの評価、SNP ・挿入・欠失解析、 シーケンシング深度とエクソンのカバレッジの解析など)を行います。

  • さらに複雑なオプション解析を行います。

DNA-Seq (Resequencing)

  • アダプタ配列の除去、コンタミの検出、PCR duplicates などシーケンシング結果をチェックします。

  • リファレンスゲノムにマッピングします。

  • 基本的な解析を行います(例: SNP ・挿入・欠失・ Structure variation など)

  • さらに複雑なオプション解析を行います。

miRNA-Seq

  • アダプタ配列の除去、コンタミの検出、PCR duplicates などシーケンシング結果をチェックします。

  • リファレンスゲノムがある場合、検出された RNA 配列をマッピングします。

  • マッピングされたゲノム上の付近の相補的配列を検索し、二重鎖を作る可能性があるかを検討します。

  • mRNA 情報がある場合、ターゲットの mRNA を推定します。

  • さらに複雑なオプション解析を行います。