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2006 年の記事

最終更新: 5月2日


2006年12月12日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.34u1 から ver 2.35 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2006年11月08日 Sun Grid Engine のバージョンアップ実施予定のお知らせ


下記作業は正常に完了いたしました。ご協力ありがとうございました。(2006/11/20 10時32分) 下記の時間帯において、Sun Grid Engine (SGE) のバージョンアップ作業を実施します。 日時: 11/20 (月) 9:30-11:30 対象機: samma (全 SunFire 15K, 6800) 補足:

  • 新バージョンではバグフィックスと性能改善が行われています

  • バージョンアップ作業中は全 SGE コマンドを実行することができません

  • 既に qsub されているジョブは、作業の影響を受けません

  • -pe def_slot <数字> を使用したジョブが qsub されているとバージョンアップができません。申し訳ありませんが、該当ジョブは実行を終了させ、作業後に再実行させていただきます

ご理解とご協力をお願いいたします。

2006年11月07日 SeqWeb のサービス停止 (11/15)


下記作業は完了いたしました。 (2006/11/15 17:00) SeqWeb データベース更新作業の為、11 月 15 日 (水) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年09月01日 SeqWeb のサービス停止 (9/7)


下記作業は完了いたしました。 (2006/9/7 17:30) SeqWeb データベース更新作業の為、 9 月 7 日 (木) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年08月11日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.34 から ver 2.34u1 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2006年07月21日 スパコンシステム定期点検のお知らせ (8/30)


定期点検作業は完了いたしました。 (2006/8/31 9:00) スパコンシステムの定期点検を、下記の時間帯に実施します。定期点検に伴い、スパコンシステムのメールサービスも下記の時間帯で停止します。

  • 定期点検日程: 8 月 30 日 (水) 午前 9:00 ~ 8 月 31 日 (木) 午前 9:00

  • メールサービス停止時間: 8 月 30 日 (水) 午前 9:30 ~ 午前 10:30

定期点検ではハードウェアチェック、および最新パッチの適用などを行ないます。 また、PC クラスタ (gyoku) では、安定性向上の為、カーネルのバージョンアップ作業を実施いたします。 上記時間帯は、スパコンへのログインや WEB サービスがご利用できせん。


皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。

2006年07月20日 SeqWeb のサービス停止 (7/26)


下記作業は完了いたしました。 (2006/7/26 17:00) SeqWeb データベース更新作業の為、7 月 26 日 (水) の午前 9 時から午後 7 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年05月31日 SeqWeb のサービス停止 (6/7)


下記作業は完了いたしました。 (2006/06/07 15:00) SeqWeb データベース更新作業の為、6 月 7 日 (水) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年05月24日 SGE コマンド実行の一時停止 (5/31)


下記作業は完了いたしました。(2006/5/31 12:00) バッチジョブシステム、Sun Grid Engine (SGE) のバージョンアップを下記の時間帯に実施します。

  • 日時: 2006年5月31日 9:30-11:30

  • 対象: samma (全 SunFire15K, 6800)、gyoku

上記の時間帯では、 qsub コマンドやジョブの実行状態の表示 (qstat コマンド) 等、全ての SGE コマンドが実行できません。 この作業は、既に qsub されたジョブには影響しません。作業前に qsub、実行開始されていたジョブは、作業後も継続されます。 -pe def_slot <数字> を使用したジョブが qsub されているとバージョンアップができません。申し訳ありませんが、該当ジョブは実行を一時停止させていただき、作業後に再実行させていただきます。 このバージョンアップによる使用方法の変更や、機能の追加はありません。新バージョンでは、バグフィックスとセキュリティ対策がなされています。 ご迷惑をお掛けしますが、ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年05月12日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.33 から ver 2.34 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2006年03月24日 SeqWeb のサービス停止 (3/29)


下記作業は終了しております (2006/3/29 19:30) SeqWeb プログラムバージョンアップ作業の為、3 月 29 日 (水) の午後 6 時から午後 8 時までの間、GCG および SeqWeb のご利用ができなくなります。 作業終了後より、SeqWebのバージョンが 2.1 から 3 に変更になります。 パスワードが変更になっておりますので、ヒトゲノム解析センター スーパーコンピュータ室までお問い合わせください。 また、バージョン 2 で使用していたプロジェクトやデータについては、バージョン 3 でもそのままご利用になれます。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年03月20日 Melina & Melina2 のサービス再開に関して


2006 年 2 月 9 日 からサーバメンテナンスのため停止していた、Melina & Melina2 のサービスを再開いたしました (2006年3月20日)。

2006年03月03日 年度末更新手続き開始


★★東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター計算機システム★★ ★★ 平成18年度継続利用申請書と利用報告書の提出について ★★ 当センターのサービスを日頃ご利用くださいましてありがとうございます。 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター計算機システムの平成 17 年度の利用期限は、平成 18 年 3 月 31 日までです。平成17年度の継続利用を希望される方、また、今年度で登録を取り消す方も以下の要領で手続きをお願いいたします。継続申請書の提出がない方は、平成 18 年 4 月以降利用資格を失い、ファイル等も消去されますのでご注意ください。 ★申請書は以下の URL からダウンロードしていただきますようお願いいたします。 https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/nendomatsu.html 注: username@ims.u-tokyo.ac.jp のメールアカウントの年度末更新ではありません。メールアカウントの年度末更新は IT サービス室 (u-it@adm.ims.u-tokyo.ac.jp) で、行っております。 ●平成 18 年度の継続利用をされる方 「平成 18 年度継続利用申請書、平成 17 年度利用報告書」を両面印刷にてプリントアウトの上、必要事項を記入・捺印のうえ、ヒトゲノム解析センター宛にご送付ください。 ●Seqweb、計算機 (saba、gyoku、gomoku) 利用者 平成 18 年度の継続利用を希望される場合は「継続利用申請書」の該当箇所にチェックをお願いいたします。 ●平成 17 年度で利用登録を終了する方、利用を一時停止する方

「平成 17 年度利用報告書、利用終了・一時停止届」をプリントアウトの上、必要事項を記入・捺印のうえ、ヒトゲノム解析センター宛にご送付ください。 ●この継続申請はスーパーコンピュータの利用申請です。メールのみご利用(username@hgc.jp)の方は継続できません。 ★★ 継続手続き期限 平成 18 年 3 月 24 日 (金) ★★ 【書類送付先・問合せ先】 〒108-8639 東京都港区白金台 4-6-1 東京大学医科学研究所 総合研究棟 8F 機能解析イン・シリコ分野 齊藤 Tel: 03-5449-5131 (内線:75131) E-mail: register@hgc.jp

2006年03月01日 人事採用情報 [ポスドク/教務補佐員] (~3/10)


現在、ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野 (宮野研究室) では、ポスドクと 教務補佐員に関する人材募集 (各 1 名) を行っています。詳しくはこちら: ポスドクの応募要項 教務補佐員の応募要項

2006年02月09日 Melina & Melina2 の一時停止に関して


サーバメンテナンスのため、Melina & Melina2 のサービスを一時停止しております。 ご迷惑をお掛けして申し訳ありません。 2006 年 3 月 20 日に Melina & Melina2 のサービスを再開いたしました。ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんでした。

2006年01月31日 PC クラスタ (gyoku) リプレース


PC クラスタ (gyoku) のリプレースを 2 月 12 日 (日) の定期点検に合わせて実施します。 このリプレースによる変更点は下記となります。

  • CPU クロック: 2.4GHz -> 3.6GHz

  • OS: RedHat7.2 -> Redhat Enterprise 3.0

  • 並列実行環境: SCore -> Intel MPI library

  • バッチジョブシステム: Sun Grid Engine からの変更はありません

リプレース後の gyoku は、現在の gyoku のアカウント、およびホームディレクトリ (/home/gyoku) のデータを引き継ぎます。OS のバージョンアップにより、一部のプログラムについてはリコンパイルが必要になります。リプレース後はホームディレクトリ上のプログラムのリコンパイルをお願いします。

現在、gyoku のアカウントをお持ちでない方も、申請書を提出いただく事で、gyoku をご利用いただけます。

2006年01月31日 ヒトゲノム解析センターの停電と定期点検によるシステム停止のお知らせ


電源設備の点検と、計算機システムの定期点検の実施のため、下記の日程におきまして、 スパコンシステムのサービスを停止させていただきます。 電源設備の点検による停電時には、メールサービスがご利用いただけません。 皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。 システム停止日程: 2月11日(土) 6:00 ~ 2月12日(日) 17:00 メール停止日程: 2月11日(土) 8:00 ~ 2月11日(土) 17:00 また、 PC クラスタ (gyoku) はリプレース作業の為、下記の時間帯をシステム停止時間とさせていただきます。

PC クラスタ停止日程: 2月11日(土) 8:00 ~ 2月15日(水) 0:00

2006年01月13日 人事採用情報 [秘書/技術員] (~1/27)


現在、ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 (金久研究室) では、秘書と KEGG データベース開発に関する人材募集を行っています。理系に限らず、幅広いバックグラウンドからの応募を歓迎します。詳しくはこちら: http://www.genome.jp/Japanese/jobs_J.html

2006年01月05日 SGE コマンド実行の一時停止 (1/10)


下記作業は、完了いたしました。 (2006/1/10 10:00) バッチジョブシステム、Sun Grid Engine (SGE) のバージョンアップを 2006 年 1 月 10 日午前 9:30-10:30 に実施いたします。 既に qsub されたジョブはバージョンアップ中も継続して実行されますが、全ての SGE コマンドを実行することができなくなります。 このバージョンアップにより、 SGE の性能が向上することが期待されます。ご迷惑をお掛けしますが、ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2006年01月05日 GCG サービス停止 (1/10)


下記作業は、完了いたしました。 (2006/1/10 18:30) データベースバージョンアップ作業の為、 1 月 10 日の午前 9 時から午後 9 時までの間、 GCG および SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

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