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SHIROKANE にて Parabricks パイプラインの提供を開始しました

最終更新: 2020年5月26日

SHIROKANE の一部の計算ノードにて GPU による高速な全ゲノム一次解析が可能な NVIDIA Parabricks パイプラインが利用できるようになりました。 Tesla V100 を搭載している計算ノードをご利用になれる利用者は、 Parabricks についての追加の課金なしに Parabricks をご利用になれます。


Parabricks の SHIROKANE での利用事例では、従来の 5 倍の解析速度を得ました。詳しくは次のプレスリリースをご覧ください。



Parabricks は GPU 計算ノードのうち Tesla V100 を搭載しているノードにて実行するため、ご利用コースに GPU V100 がある場合に使用できます。 GPU V100 は、オプション追加により増やすことができます。 SHIROKANE の Parabricks は GPU V100 が 8 の時に最高性能になります。



Parabricks は GPU 計算ノードのうち Tesla V100 を搭載しているノードにて 1 年間の提供を予定しています


利用手順は、利用者向けスパコン Wiki をご覧ください。


The Parabricks pipeline is now available at SHIROKANE


The NVIDIA Parabricks pipeline is now available to some of SHIROKANE's compute nodes for fast GPU-based primary whole genome analysis. Users with a compute node running Tesla V100 can use Parabricks at no additional charge for Parabricks.


Parabricks' use case with SHIROKANE resulted in a 5X improvement in analysis speed. For more information, please see the following press release.



Parabricks runs on GPU compute nodes with Tesla V100, so if your course has a GPU V100, you can use it. The number of GPUs can be increased with additional options. SHIROKANE's Parabricks are at their best when the GPU V100 has 8 units.



Parabricks plans to offer it for one year on GPU compute nodes that are equipped with Tesla V100.


Please refer to the Supercomputer Wiki for users for the usage procedure.


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