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2007 年の記事

最終更新: 5月2日


2007年12月04日 Mathematica 利用申請受付開始


Mathematica 6.0 の利用申請受付を開始いたしました。 利用申請書はこちらからダウンロードできます。

2007年11月16日 SeqWeb のサービス停止 (11/28)


下記作業は完了いたしました。 (2007/11/28 18:00) SeqWeb データベース更新作業のため、11 月 28 日 (水) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2007年10月26日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.36 から ver 2.37 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2007年10月02日 スパコンシステム講習会のお知らせ


10 月 16 日開催の「利用者入門講習会 & UNIX 入門講習会」の受講者受付を開始いたしました。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2007年09月25日 SeqWeb のサービス停止 (10/1)


下記作業は完了いたしました。 (2007/10/1 19:30) SeqWeb データベース更新作業のため、10 月 1 日 (月) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2007年09月07日 UniProt データベース利用講習会のご案内


このたび、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターにおいて、 タンパク質の知識ベースである UniProt データベースをより効果的に活用していただくための利用講習会を開催する運びとなりました。 UniProt データベースは、それまでにも評価の高かった Swiss-Prot データベースに加えて、 TrEMBL データベースおよび PIR データベースを統合したデータベースです。 本講習会では、 Frederique Lisacek 博士をお招きし、データベースの概要とその具体的な利用法を、 特にプロテオミクス解析との関連に注目しながら、実習形式で習得して頂けることになりました。 コースは前半と後半に分かれており、 前半では、プロテオミクス研究の背景とバイオインフォマティクスの果たす役割、プロテオミクス研究における UniProt データベースの重要性を解説していただき、後半では、タンパク質の機能解析を行うための各種計算ツールの詳細を実習する予定です。 実習用パソコン数の制限のため、参加希望の方は下記登録ページから事前申し込みをお願いします。 本講習会は、京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターとの共同開催のため、登録ページは京都大学に置かれています。 登録ページ: http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/egis/events/e071002_J.html 講師: Frederique Lisacek (Swiss Institute of Bioinformatics, Proteome Informatics Group) 会場: 東大医科研ヒトゲノム解析センター 3 階計算機実習室 (または、京大化研バイオインフォマティクスセンター 2 階実習室) 受講料: 無料 開催日時および会場のご案内:  10 月 2 日 (火) 10:00 - 14:00 京都会場 (京都大学化学研究所)  10 月 4 日 (木) 13:30 - 17:00 東京会場 (東京大学医科学研究所)  10 月 5 日 (金) 13:30 - 17:00 東京会場 (東京大学医科学研究所) 上記講習会に関するご質問は、下記までお問い合わせください。 〒611-0011 京都府宇治市五ヶ庄  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター  服部 正泰  電話 (0774)38-3274

2007年07月24日 スパコンシステム定期点検のお知らせ


計算機システム定期点検の実施のため、下記の日程におきまして、スパコンシステムのサービスを停止させていたきます。 皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。 システム停止日程: 8 月 7 日 (火) 9:00 ~ 8 日 (水) 17:00 メール停止日程: 8 月 7 日 (火) 8:00 ~ 9:00, 8 月 8 日 (水) 8:00 ~ 9:00 定期点検ではハードウェアチェック、および最新パッチの適用などを行ないます。 上記時間帯は、スパコンへのログインや Web サービスがご利用できせん。 また、SGE を 6.0 update 10か ら 6.1 にバージョンアップします。新バージョンではジョブの管理方式が変更され、旧バージョン利用時に qsub されたジョブを引き継げません。よって、バージョンアップの際には定期点検前に qsub ・実行されていたジョブを削除させていただきます。ご了承ください。

2007年06月25日 SeqWeb のサービス停止 (7/2)


下記作業は完了いたしました。 (2007/7/2 17:30) SeqWeb データベース更新作業のため、7 月 2 日 (月) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2007年05月18日 PC クラスタ (gyoku) 定期ディスクチェック (5/24)


以下の作業は完了いたしました。ご協力ありがとうございました。 PC クラスタ (gyoku) では下記の時間帯におきまして、 /grid/gyoku、/bio 領域の定期ディスクチェック作業を実施いたします。 5 月 24 日 (木) :30 - 17:00 上記の時間帯では /grid/gyoku、/bio 領域へのアクセス速度が低下いたします。 可能な限りアクセスを控えていただきますようにお願いいたします。 ホームディレクトリである /home/gyoku/ 領域への影響はございません。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力の程よろしくお願いいたします。

2007年05月15日 SeqWeb のサービス停止 (5/23)


下記作業は完了いたしました。 (2007/5/23 15:00) SeqWeb データベース更新作業のため、5 月 23 日 (水) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2007年05月14日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.35 から ver 2.36 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2007年05月11日 スパコンシステム講習会のお知らせ


5 月 22 日開催の「Web サービス利用法講習会」の受講者受付を開始いたしました。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html


2007年04月20日 ネットワーク一時停止のお知らせ


以下の日時にネットワークメンテナンスを実施するため、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターとインターネット間の通信が一時停止します。 2007 年 5 月 1 日 12:00-13:00 この時間帯は、インターネットからスパコンシステムにログインできません。医科学研究所内の総合研究棟 6-8 階、旧ゲノム解析センター棟、およびヒトゲノム解析センター棟からはログインできます。 該当時間前には以下の対策を実施してください。

  • テキストファイルを編集している場合は保存してください

  • 通信が停止した場合、プログラムは kill されます。ジョブの実行計画を見直してください

ご迷惑をお掛けしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

2007年04月20日 PC クラスタ (gyoku) 計画停止のお知らせ


下記の時間帯におきまして、メンテナンス実施のために PC クラスタ gyoku のゲートウェイノードの計画停止を実施いたします。 4 月 25 日 (水) 8:00 - 9:00 上記の時間帯ではゲートウェイノードへのログインができません。計画停止はゲートウェイノードのみで実施するため、バッチジョブシステム、 Sun Grid Engine のジョブには影響いたしません。 計画停止によりゲートウェイノード上のプロセスは強制停止するため、ジョブ実行のための準備等は、計画停止後に実施していただきますよう、お願いいたします。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力の程よろしくお願いいたします。

2007年04月01日 メールサーバ (@hgc.jp) 障害のご連絡


4月1日 (日)、メールサーバに障害が発生し、メールサービスの利用ができない状態となりました。 サービスの停止時間帯と影響は以下になります。 ○メールサーバ停止時間帯: 平成19年4月1日(日) 午前 08:19 ~ 午後14:15 ○影響: 上記時間帯におけるメールサービスの利用不可 ※補足事項: samma はメールサーバ障害の影響で、上記時間帯に、一部オペレーションに影響が生じました。 なお、上記時間帯に [userID]@hgc.jp に送付されたメールは、 qmail のデフォルト設定の場合、送信者のメールサーバにより 1 週間後まで再送処理 (400 秒置き) を受けます。 しかし、送信者のメールサーバの設定によっては、再送処理をしない場合もありますので、ご了承ください。 ご迷惑をお掛けして、誠に申し訳ありません。

2007年03月23日 p53MDB Web サービス終了


誠に勝手ながら、p53MDB の Web サービスは、2007 年 8 月 31 日をもちましてサービスを終了させていただくこととなりました。 ご迷惑をお掛けいたしますがご理解のほどよろしくお願いいたします。 今まで p53MDB の Web サービスをご利用いただきありがとうございました。

2007年03月16日 SeqWeb のサービス停止 (3/23)


下記作業は完了いたしました。 (2007/3/23 15:00) SeqWeb データベース更新作業のため、3 月 23 日 (金) の午前 9 時から午後 8 時までの間、SeqWeb のご利用ができなくなります。 ご理解、ご協力の程、よろしくお願いいたします。

2007年03月02日 2007 年度末更新手続き開始


★★東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター計算機システム★★ ★★ 2007 年度継続利用申請書と利用報告書の提出について ★★ 当センターのサービスを日頃ご利用下さいましてありがとうございます。 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター計算機システムの 2006 年度の利用期限は、2007 年 3 月 31 日までです。 2007 年度の継続利用を希望される方、また、今年度で登録を取り消す方も以下の要領で手続きをお願いいたします。継続申請書の提出がない方は、2007 年 4 月以降利用資格を失い、ファイル等も消去されますのでご注意ください。 ★申請書は以下の URL からダウンロードしていただきますようお願いいたします。 https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/nendomatsu.html 注: username@ims.u-tokyo.ac.jp のメールアカウントの年度末更新ではありません。 このメールアカウントの年度末更新は IT サービス室 (u-it@adm.ims.u-tokyo.ac.jp) で、行っております。 ●2007 年度の継続利用をされる方 「2007 年度継続利用申請書、2006 年度利用報告書」を両面印刷にてプリントアウトの上、必要事項を記入・捺印のうえ、ヒトゲノム解析センター宛にご送付ください。 ●Seqweb、計算機 (saba、gyoku、gomoku) 利用者 2007 年度の継続利用を希望される場合は「継続利用申請書」の該当箇所にチェックをお願いいたします。 ●2007 年度で利用登録を終了する方、利用を一時停止する方 「2007 年度利用報告書、利用終了・一時停止届」をプリントアウトの上、必要事項を記入・捺印のうえ、ヒトゲノム解析センター宛にご送付ください。 ●この継続申請はスーパーコンピュータの利用申請です。メールのみご利用 (username@hgc.jp) の方は継続できません。 ★★ 継続手続き期限 2007 年 3 月 23 日 (金) ★★ 【書類送付先・問合せ先】 〒108-8639 東京都港区白金台4-6-1 東京大学医科学研究所 総合研究棟8F 機能解析イン・シリコ分野 齊藤 Tel: 03-5449-5131 (内線: 75131) E-mail: register@hgc.jp

2007年02月15日 Sun Grid Engine のバージョンアップ実施予定のお知らせ


以下の作業は正常に完了いたしました。ご協力ありがとうございました。 (2007 年 2 月 20 日午前 10 時 4分) 下記の時間帯において、Sun Grid Engine (SGE) のバージョンアップ作業を実施します。 日時: 2007 年 2 月 20 日 (火) 9:30-10:30 対象機: samma (全 SunFire 15K, 6800) 補足:

  • 新バージョンではバグフィックスが行われています

  • バージョンアップ作業中は全 SGE コマンドを実行することができません

  • 既に投入されているジョブは、作業の影響を受けません

  • -pe def_slot <数字> を使用したジョブが qsub されているとバージョンアップができません。申し訳ありませんが、該当ジョブは実行を終了させ、作業後に再実行させていただきます。

ご理解とご協力をお願いいたします。

2007年01月24日 スパコンシステム定期点検のお知らせ


定期点検作業は完了いたしました。 (2007/2/5 9:00) 電源設備の点検と、スーパーコンピュータシステムの定期点検の実施のため、下記の日程におきまして、スーパーコンピュータシステムのサービスを停止させていただきます。 電源設備の点検による停電時には、メールサービスがご利用いただけません。 皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。 システム停止日程 : 2 月 3 日 (土) 9:00 ~ 2 月 5 日 (月) 9:00 メール停止日程 : 2 月 3 日 (土) 12:30 ~ 2 月 3 日 (土) 17:00 メールサービスについては、2 月 3 日 (土) 17:00 ~ 22:00 の間に 15 分程度の停止を行います。


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