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2010 年の記事

最終更新: 5月16日


2010年10月27日 国際がんゲノムコンソーシアムの解析結果が Nature Genetics 誌に掲載


国際がんゲノムコンソーシアム (ICGC) の解析結果が Nature Genetics 誌に掲載されました。 この成果は、理化学研究所 ゲノム医科学研究センターと東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター (HGC) のグループが当センターのスーパーコンピュータシステムを用いて行ったものです。 この研究では、大規模なシーケンシングを短時間で行う次世代シーケンサを活用していますが、次世代シーケンサの解析には、大規模な計算機システムが必要となりました。 なお、HGC では、国内のゲノム研究の基盤の確立を支援するために、次世代シーケンサ (NGS) のデータ解析サービスを行っています。 具体的には、HGC のインフラを最大限に活用し、 Nature や Science などの一流誌で行われている解析パイプラインをベースにスーパーコンピュータに最適化することで、超高速な NGS の基本的な解析、および高度な解析サービスを行っています (有償)。 また、NGS のデータの取得を考えられている医学系、生物学系の研究室、企業に対して解析を行う上で必要なデータ取得の方法のコンサルティングについても受け付けています。 詳細については次世代シーケンサ (データ解析) をご覧ください。

2010年10月07日 スパコン利用の有料化のお知らせ


当センターのサービスをご利用いただきありがとうございます。 これまで無料でご利用いただいておりました当センターのスパコンシステムを平成 22 年 10 月から有料化することをご連絡いたします。 現在アカウントをお持ちのユーザ様は、現在の使用形態に変更がない限り、平成 23 年 3 月 31 日まではこれまで通り無料でご利用いただけます。 平成 23 年 4 月 1 日からコースに応じて料金が課金されます。 平成 22 年 10 月 7 日から平成 23 年 3 月 31 日までに新規利用申請をされる方、現在アカウントをお持ちの方でディスク追加、Altix 4700 の追加登録申請をされる方は、課金規程により課金されます。 課金規程、課金表(平成 22 年度)は以下の URL にあります。 https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/procedure.html ご不明な点は、ユーザサポート係 宛にお問い合わせください。

  • 無料のコースから大規模占有のコースまで用意しています。

  • 細やかなリソース追加が可能です。

  • 申請内容は月ごとに変更できます。

  • 企業もご利用いただけます。

  • 大学等の学術研究機関に所属の方の利用料金は、年度末等にまとめてお支払いいただくこともできます。

  • この課金規程は毎年度見直しを行います。

これまで以上に、より良いスパコンシステムを目指し努力を行っていく所存ですので、皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

2010年09月17日 Ruby バージョンアップ実施予定のお知らせ


当センターのサービスを日頃ご利用くださいまして、ありがとうございます。 下記の日時において、/usr/local/ 以下にインストールされている Ruby を 1.8.7 から 1.9.2 にバージョンアップいたします。 日時: 2010 年 10 月 18 日(月) Ruby 1.9 では高速化や多言語化など様々な改良が行われていますが、バージョンアップに伴い、一部 Ruby 1.8 と互換性のない変更があるため、プログラムが動作しなくなる可能性がございます。 お手数をおかけして申し訳ございませんが、Ruby 利用者の方は、1.9.2 に対応するようプログラムを変更するか、1.8.7 を使用するようパスの変更をお願いいたします。1.9.2 を使用する場合は、パスを変更する必要はございません。

1.8.7 の使用を継続する場合の変更点

スクリプト1行目の shebang 行を以下に変更してください。

#!/usr/local/package/ruby/current1.8/bin/ruby

1.9.2 に移行する場合の注意点 Ruby 1.9.2 を /usr/local/package/ruby/current1.9/ 以下にインストールしておりますので、今のうちに動作のご確認をお願いいたします。 ただし、1.9.2 では、Ruby モジュールである rb-gsl をインストールすることができなかったため、rb-gsl を使用しているプログラムは、1.8.7 をご使用ください。 Ruby 1.9 では、最も大きな変更点である多言語化により、ソースファイル内に日本語が含まれている場合、エラーとなります。このエラーを回避するには、マジックコメントと呼ばれる特殊なコメント行を追加して、ソースファイルのエンコーディングを指定する必要があります。 スパコンシステムのデフォルトの文字コードは、EUC-JP です。以下のコマンドで確認できます。

$ echo $LANG

文字コードが EUC-JP の場合、以下の通りソースファイルにマジックコメントを記述することでエラーを回避できます。

# coding: euc-jp

ソースファイルが ASCII 文字のみで書かれている場合は、マジックコメントは必要ありません。 その他の変更点につきましては、下記 URL をご参照願います。 http://svn.ruby-lang.org/repos/ruby/tags/v1_9_2_0/NEWS http://svn.ruby-lang.org/repos/ruby/tags/v1_9_1_0/NEWS http://jp.rubyist.net/magazine/?0025-FirstStepRuby191 ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年09月01日 スパコンシステム定期点検終了のお知らせ


当センターのサービスを日頃ご利用くださいまして、ありがとうございます。 8 月 30 日 から実施しておりました定期点検作業が、 9 月 1 日 (水) 17時 00分 に終了いたしましたので、ご連絡いたします。 現在は運用を再開しております。 ご理解とご協力ありがとうございました。 不明点や問題等ございましたら、ご連絡いただきますようお願い申し上げます。

2010年08月23日 PHP バージョンアップのお知らせ


Web サーバの PHP を 5.3.0 から 5.3.3 にバージョンアップいたしました。 バージョンアップに伴い、ソースコードの記述方法が変更されております。 変更点に関しましては、以下の URL をご覧ください。 http://www.php.net/archive/2010.php#id2010-07-22-2 お手数をおかけして申し訳ございませんが、Web サービス管理者の方は、PHP を使用したサービスが正常に稼働しているかご確認をお願いいたします。

2010年07月08日 Web サービス利用法講習会のお知らせ


2010 年 8 月 5 日開催の「Web サービス利用法講習会」の受講者を募集しております。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2010年06月08日 統計処理言語 R 講習会のお知らせ


2010 年 7 月 8, 9 日開催の「統計処理言語 R 講習会」の受講者を募集しております。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2010年06月08日 6/8 メンテナンスのお知らせ


下記の作業は終了しております。ご協力ありがとうございました。 2010 年 6 月 8 日 (火) 9:00-10:00 の間は、 MySQL バージョンアップ作業のため、 mysql.hgc.jp, mysqlefsite.hgc.jp, mysqldbtss.hgc.jp への接続ができなくなります。

2010年06月01日 GeneCards バージョンアップ


GeneCards を ver 2.41.1 から ver 2.42 にバージョンアップいたしました。 ヒトゲノム解析センターの GeneCards ミラーサイトはこちらです。

2010年05月17日 MPI 講習会開催のお知らせ


2010 年 5 月 26, 27 日開催の「MPI 講習会」の受講者を募集しております。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2010年04月27日 4/30 メンテナンスのお知らせ (mysql.hgc.jp, Web サービス)


下記の作業は終了しております。ご協力ありがとうございました。 2010 年 4 月 30 日 (金) 11:00-12:00 の間は、 mysql.hgc.jp のメンテナンス作業のため Web サービスをバックアップデータで運用いたします。上記時間帯には mysql.hgc.jp への接続ができなくなります。 SGE の計算ノードへの影響はございません。

2010年04月22日 ジョブ同時実行数制限のお知らせ


この度、 1 ユーザあたりのジョブ同時実行数に、上限を設定することに決定いたしました。ジョブ同時実行数の上限は以下となります。 ジョブ同時実行数上限のデフォルト値: 128 ジョブまで 制限導入日: 2010 年 4 月 28 日(水) この制限を解除するには、制限導入日より受験可能な HGC スパコンライセンス認定試験に合格する必要があります。 HGC スパコンライセンス認定試験は、下記から受験することができます。 https://supcom.hgc.jp/internal/sge-licence/licence.cgi また、HGC スパコンライセンス認定試験の参考資料として、 Sun Grid Engine (SGE) 利用法講習会・HGC スパコンライセンス認定講習会の資料を下記に掲載いたします。英語版の講習会資料につきましても下記に掲載いたしますので、ご参照ください。 (日本語) https://supcom.hgc.jp/internal/materials/ (英語) https://supcom.hgc.jp/internal/english/materials/ お手数をお掛けいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年03月31日 Sun Grid Engine (SGE) 利用法講習会・ HGC スパコンライセンス認定試験


2010 年 4 月 28 日開催の「Sun Grid Engine (SGE) 利用法講習会・ HGC スパコンライセンス認定講習会」の受講者を募集しております。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2010年03月31日 利用者入門講習会 & Linux 入門講習会


2010 年 4 月 27 日開催の「利用者入門講習会& Linux 入門講習会」の受講者を募集しております。 講習会内容、申し込み方法は下記をご参照ください。 https://supcom.hgc.jp/japanese/training/calender.html

2010年03月30日 使用ファイル数制限のお知らせ


この度、スパコンシステムでは、限られたディスク空間を有効に活用する事を目的として、ユーザ毎に作成可能なファイル数に、上限を設定することを決定いたしました。使用ファイル数の上限は以下となります。 使用ファイル数上限のデフォルト値: 2,000,000 ファイルまで 制限導入日: 2010 年 5 月 11 日 (火) 制限導入日以降は、使用ファイル数が上限値に達すると、新たにファイルを作成することができなくなります。なお、ファイル容量については、当面は上限を設けません。 ユーザ毎のファイル数は以下のコマンドで確認することができます。

[username@amethyst ~]$ qlogin -l cpu_arch=xeon
[username@c709 ~]$ lfs quota -u [username] /home/[username]

上限数を超えてファイルを作成しようとすると以下のメッセージが出力されます。

[username@garnet]~% touch testfile
touch: cannot touch `testfile': ディスク使用量制限を超過しました

既に、デフォルト値を超過している方もいらっしゃいます。ファイル数上限を増やしたい方は、ディスク超過使用申請、またはディスク特別超過使用申請をご提出ください。 申請により、ファイル数制限の上限を引き上げることができます。 ディスク超過使用申請書提出時: 10,000,000 ファイルまで ディスク特別超過使用申請書提出時: 希望するファイル数まで ディスク超過使用申請は、簡単な審査を行い承認します。申請はアカウントが廃止されるまで有効です。ディスク特別超過使用申請は、ファイル数超過が必要な理由を厳正に審査した結果、必要性が認められた場合のみ、承認されます。また、年度を越えての利用はできません。 ディスク超過使用申請とディスク特別超過使用申請はいつでも提出することができます。 各申請書は下記 URL からダウンロード後、必要事項記入の上、下記までご送付ください。制限導入日 (2010 年 5 月 11 日の) 反映分の申請期限は、 2010 年 4 月 9 日 (金) までとなっております。 ディスク超過使用申請書: https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/disk-over.pdf https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/disk-over.doc ディスク特別超過使用申請書: https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/disk-over-super.pdf https://supcom.hgc.jp/japanese/utili_info/procedure/disk-over-super.doc 申請書の送付先 〒108-8639 港区白金台4-6-1 東京大学医科学研究所 総合研究棟 8F 機能解析イン・シリコ分野 利用登録係 お手数をお掛けいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

2010年03月01日 継続利用申請受付について


東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター計算機システムの 2009 年度の利用期限は、2010 年 3 月 31 日までです。 2010 年度への継続利用を希望する方、また、今年度で登録を取り消す方も以下の要領で 3 月 26 日 (金) までに 手続きをお願いいたします。 継続申請書の提出がない方は、2010 年 4 月以降利用資格を失い、ファイル等も消去されますのでご注意ください。 継続申請・利用停止申請(年度末)

2010年01月28日 停電と定期点検終了のお知らせ


2010 年 2 月 25 日 当センターのサービスを日頃ご利用くださいまして、ありがとうございます。 2 月 19 日 から実施しておりました定期点検作業が、2 月 25 日 (木) 17時 00分 に終了いたしましたので、ご連絡いたします。 現在は運用を再開しております。 また、既にお知らせしておりますが、Sun Grid Engine (SGE) にて 実行されるジョブのメモリ利用量のデフォルト上限を 4GB から 2GB に変更いたしました。 ご理解とご協力ありがとうございました。 不明点や問題等ございましたら、ご連絡いただきますようお願い申し上げます。

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