アーカイブ
過去の情報です
終了した分野
2002 年 4 月 ～ 2007 年 3 月
バイオスタティスティクス-人材養成ユニット
教授: 堀本 勝久
特任助手: 油谷 幸代
特任講師: 山口 類
特任助手: 土井 淳
http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/egis/index_J.html
2011 年 4 月 1 日 ～ 2014 年 3 月 31 日
インタラクトーム医科学社会連携研究部門
特任准教授: 宮本 悦子
2000 年 4 月 1 日 ～ 2012 年 3 月 31 日
ゲノム機能解析分野
准教授: 長﨑 正朗
2007 年 4 月 1 日 ～ 2012 年 3 月 31 日
システム生命医科学技術開発共同研究ユニット
特任准教授: 後藤 典子
終了
先端医療社会コミュニケーションシステム社会連携研究部門
特任教授: 上 昌広
～ 2020 年 3 月 31 日
DNA 情報解析分野
教授: 宮野 悟
サービスを終えたデータベース
ご利用をありがとうございました。
JSNP
JSNP データベースは、科学技術振興機構と東京大学医科学研究所 (中村祐輔特任教授) とのミレニアム SNP プロジェクトでの共同研究の成果を公開するために構築されました。日本人のサンプルを検索して、主に遺伝子領域の一塩基多型 (SNP) を約 20 万箇所同定し、それらの位置情報、実験方法、および日本人一般集団のアレル頻度データを収録しています。(～ 2016 年 2 月)
HGC の Anonymous FTP にてデータの提供を継続しています。ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/
HiGet
HiGet は GenBank, RefSeq, UniProt, PDB, PROSITE, OMIM などの主要なデータベースに対する全文検索サービスです。エントリ全体の検索だけでなく、各エントリの中で検索対象となるフィールドを指定することにより、きめ細かな絞り込み検索を高速に行うことができます。
MACPAK
マクロファージパスウェイデータベース (MACPAK) はマクロファージにかかわる時系列のシミュレーション可能なパスウェイを整理したデータベースです。 230 報の論文を 1 報ずつセルイラストレータオンラインを用いて整理し時系列シミュレーションが可能なようにキュレータが１つ１つの反応を精査して作成しています。 MACPAK の全データセットは 2011 年 6 月時点で 24,009 エンティティ、 12,774 反応ですべてのモデルはセルイラストレータオンラインで読み込み実行可能な CSML 形式で整理されています。また、カスタマイズした Cytoscape 上で編集・閲覧することもできます。
CGED
大阪成人病センターの加藤研究所所長と HGC 中井教授らによる、癌と正常細胞の遺伝子発現量を、 ATAC-PCR を用いて定量した結果のデータベースです。
サービスを終えたソフトウェア・解析ツール
ご利用をありがとうございました。
Parallel PRRN
もともと prrp/prrn として開発された後藤修チームリーダー（産総研 CBRC） による高感度マルチプルアラインメントプログラムです。このバージョン は、シリコングラフィックス社の並列マシン向けに十時研究員（理研GSC） によって実装されたものです。このアルゴリズムは、木構造依存性分割を 用いて反復学習を行ない、最良優先検索を行ないます。第三者による客観 テストによると、世界で最も高感度なマルチプルアラインメントプログラ ムのひとつです。 (Thompson et al., 1999)
PACADE
PACADE は、タンパク質の類似部分構造を二次構造レベルで検索するシステムである。ユーザが指定した部分構造（特定タンパクの一部）と同じ二次構造列を持ち、二次構造の長さや二次構造間の角度が類似した部分構造を検索し、可視化します。データマイニングシステムとの連携により、検索された類似部分構造を持つタンパク質集合に共通かつ特有な情報を提示することも可能です。
whoin
ゲノムひろば 2003 のために作成した、ヒトアミノ酸配列中の文字列を探すツールです。
XiP は、時系列データから動的ネットワークを抽出してシステムとして解析するプロセスや、時系列データを動的モデルに同化させモデルを精緻化するなどのプロセスを、パイプラインとしてグラフィカルに作成し、データ解析・可視化・シミュレーション解析を統合的に行うツールです。Cell Illustrator Online で扱う CSML データや R データを使った処理が可能であり、パイプラインには、SiGN-BN や SiGN-SSM による推定プロセスや Galaxy ツールをコンポーネントとして組み込むことも可能です。また、最新の XiP 3.0 では、一部のコンポーネントを京で実行する機能が実現されています。
ヒト遺伝子の全貌を明らかにする国際的プロジェクト
ヒトゲノム解析計画とは
ゲノムは生命の設計図
-
ゲノムとは生命の設計図であり、 1 ゲノムとは精子や卵に含まれる親から子へ伝えられる遺伝情報に相当します。
-
ゲノムの本体は DNA と呼ばれるひも状の物質で、A (アデニン)、G (グアニン)、T (チミン)、C (シトシン) の 4 種類の塩基 (文字) から成っています。
-
この 4 文字の「ならび方」によってすべての生命の営みが決められています。
-
ヒトゲノムは 30 億個の文字から成っています。また、ゲノム DNA の中で直接働いている部分 (遺伝子) は、ヒトの場合は 2 万～ 3 万個あるとされています。
ヒトゲノム解析計画は人類のチャレンジ
-
ヒトゲノム解析計画はヒトの全DNA配列 (30 億文字) を読み取り、その働きを明らかにします。
-
この壮大な解析計画は国際的な協力により進められてきました。
-
ヒトの全 DNA 配列の読み取りは 2001 年に概要配列が決定し、 2003 年には全塩基配列が決定しました。また、ヒトゲノム計画に関連して、様々な生物のゲノム解析が行われており、酵母、大腸菌、線虫、ショウジョウバエなどの DNA 配列の読み取りもすでに完了しました。
-
現在、全染色体をカバーするはプロタイプを作成する計画 (HapMap Project) が 5 か国の国際協調で進んでいます。